در سال 1346 خورشیدی سازماني تحت عنوان “مركز تحقيقات ولابراتوار وابسته به وزارت نيرو” به منظور مدلسازی هيدروليكی سدها و تاسيسات آبی آغاز به كار نمود.
اين مركز در سال 1354 خورشیدی از حوزه ستادی وزارت نيرو جدا و تحت عنوان “موسسه بررسیها و آزمايشگاههای منابع آب” به كار خود ادامه داد.
در سال 1368، هيات وزيران، موسسه يادشده را به “سازمان تحقيقات منابع آب” تبديل نمود. اهداف اين شركت انجام تحقيقات و مطالعات كاربردی در زمينه منابع آب و ارائه راهكارهايی به منظور بهبود كمی و كيفی آب كشور بود.
در سال 1370 خورشیدی همگام با روند خصوصیسازی واحدهای مختلف تحت پوشش وزارت نيرو، شركت يادشده تبديل به يك شركت نيمهدولتی و مجموعهای خودگردان با عنوان “مركز تحقيقات آب” گرديد كه فعاليت در زمينههای مهندسی رودخانه، دريا و سواحل را نيز آغاز نمود.
از آن زمان، محدوديتهای ناشی از خودگردانی، به عنوان مانعی بر سر راه ظرفيتسازی و انجام فعاليتهای تحقيقاتی منسجم و منطبق با نيازهای صنعت آب كشور، نمایان شد.
از سوی ديگر، مراكزی برای پاسخگويی به برخی ضرورتهای پژوهشی آب در ساير نقاط كشور تاسيس شدند.
پس از تثبيت ستاد تحقيقات آب در قالب معاونت پژوهشی سازمان مديريت منابع آب ايران، كمبود يك مجموعه اجرايی توانمند براي پيشبرد همه جانبه امر تحقيقات در پيكره امور آب كشور نمايان گرديد.
لذا به منظور تجميع تمامی فعاليتهای پژوهشی آب كشور، “موسسه تحقيقات آب” پس از اخذ مجوز قطعی از وزارت علوم ، تحقيقات و فنآوری در سال 1380 خورشیدی رسماً هويت يافت و از نيمه دوم سال 1381 عملا فعاليت خود را آغاز نموده است.
موسسه تحقيقات آب به عنوان تخصصيیترين فعالان عرصه تحقيق و پژوهش در صنعت آب و فاضلاب كشور، با داشتن دو پژوهشكده در تهران و سه مركز ملی مطالعاتی ـ تحقيقاتی در شهرهای تهران، ساری و شيراز همواره كوشيده تا با استفاده از كارشناسان و متخصصان بخشهای مرتبط با اين صنعت و قراردادن فضايی مناسب در اختيار آنها به منظور تجربی ساختن آموختههای تئوری، هدف انجام پژوهش با زمينه تجاریسازی را در سازمانها و موسسات تحقيقاتی نهادينه سازد.