موسسه تحقیقات آب برمبنای سیاست تجمیع ظرفیت‌های تحقیقاتی وزارت نیرو در بخش آب، از نیمه دوم سال ۱۳۸۰ رسماً فعالیت‌های تخصصی خود را آغاز نموده و از آن تاریخ با به کارگیری کلیه ظرفیت‌های در اختیار، در راستای تحقق اهداف تعیین شده فعالیت می‌نماید. پژوهشکده مهندسی هیدرولیک و محیط‌های آبی یکی از دو پژوهشکده تخصصی موسسه تحقیقات آب می‌باشد که به پشتوانه سابقه تجربیات، منابع انسانی متخصص و همچنین امکانات منحصر به فرد تجهیزاتی و آزمایشگاهی، از ظرفیت‌های ویژه‌ای در تامین نیازهای تحقیقاتی، مطالعاتی و مشاوره‌ای مورد نیاز صنعت آب کشور به ویژه در زمینه‌های طراحی سازه‌های هیدرولیکی، مطالعات مهندسی رودخانه، مطالعات مهندسی سواحل و سازه‌های ساحلی،‌مطالعات و تحقیقات زیست محیطی، مطالعات جامع فرسایش و رسوب، مدل‌سازی ریاضی و آزمایشگاهی پدیده‌های هیدرولیکی، اندازه‌گیری‌های میدانی و تحقیقات صحرایی و همچنین پایش‌های کیفی و کمی محیطی برخوردار است