با توجه به نقش محوری و سازنده اعضای هیات علمی در بالندگی و رشد علمی موسسه و برای ایجاد وحدت رویه و چابک‌سازی انجام امور به مربوط به بررسی توانایی علمی و صلاحیت عمومی متقاضیان جذب، تبديل وضعيت و ارتقا، امور هیات علمی موسسه به ‌صورت یک دفتر مستقل و زیر نظر معاون پژوهشی تشکیل گردید. 
امور هیأت علمی موسسه بر آنست تا به استناد آیین نامه اجرایی هیأت جذب، ضمن بکارگيري و استخدام اعضاي هیات علمی، در چارچوب فراخوان‌هاي مصوب وزارت علوم، تحقيقات و فناوري، با بررسی و ارزیابی مستمر فعالیت‌های پژوهشی و اجرایی اعضای هیأت علمی در قالب فرآیندهای ترفیع سالانه، ارزیابی کیفیت پژوهش‌ها، تبديل وضعيت، ارتقاء و … نقش مهمی در ارتقاء موسسه و اصلاح هرم نیروی انسانی ایفا نماید.

دبيرخانه: کليه امور اجرايي کارگروه‌ها و کميته‌هاي ذيل امور هيات علمي موسسه از قبيل اعلام نياز در فراخوان عمومي جذب، دريافت تقاضاي همکاري، تشکيل پرونده‌هاي علمي و عمومي، پاسخگويي به متقاضيان و … توسط دبيرخانه انجام خواهد شد. 
کارگروه‌ها و کميته‌ها: امور هيات علمي موسسه در موارد مطروحه جهت تسريع در روند بررسي پرونده‌هاي علمي افراد، کارگروه‌ها و کميته‌هاي ذيل را زير نظر خود تشکيل مي‌دهد. 
کارگروه بررسی توانایی علمی: به منظور بررسی توانایی علمی متقاضیان جذب، کارگروه بررسی توانایی علمی زیر نظر هیأت اجرایی جذب حسب مورد تشکیل می گردد.
کميته منتخب: به منظور اجرايي کردن آيين‌نامه ارتقاي مرتبه اعضاي هيات علمي و بررسي و امتيازدهي به فعاليت‌هاي سه‌گانه متقاضي (موارد ۲، ۳ و ۴ آيين‌نامه ارتقاي مرتبه) کميته منتخب موسسه زير نظر هيات مميزه حسب مورد تشکيل مي‌گردد. 
کميته ترفيعات: به منظور ارزيابي صحيح فعاليت‌هاي پژوهشي اعضاي هيات علمي موسسه، جهت امتيازدهي به عملکرد سالانه ايشان، کميته ترفيعات با استناد به دستورالعمل اعطاي پايه استحقاقي اعضاي هيات علمي موسسه تحقيقات آب حسب مورد تشکيل مي‌گردد.

• پاسخگویی به متقاضیان ارتقاء مرتبه علمی، تبدیل وضعیت استخدامی، عضویت هیأت علمی، راتبه تحصيلي و بررسی درخواست‌های ایشان
• اعلام فراخوان عمومی جذب هیأت علمی
• دریافت تقاضای همکاری، تشکیل، بررسی، تکمیل و ارسال پرونده‌های متقاضیان عضویت هیأت علمی، راتبه تحصیلی و طرح سربازی و برگزاری جلسات کارگروه جذب هیأت علمی
• دریافت تقاضاهای تبديل وضعيت و ارتقای سطح علمی در جهت اصلاح هرم هیأت علمی موسسه، بررسی، تکمیل پرونده و ارسال تقاضاهای مذکور به دانشگاه‌هاي مادر معرفي شده از طرف وزارت علوم، تحقيقات و فناوري
• صدور درخواست تمدید احکام اعضای کارگروه‌های بررسی توانایی علمی و کميته منتخب و کميته ترفيعات
• انجام امور مالی مرتبط با کارگروه‌ها و کميته‌هاي علمی و اعضای ذی فن بررسی درخواست‌های جذب و ارتقای مرتبه علمی