با توجه به نقش محوری و سازنده اعضای هیات علمی در بالندگی و رشد علمی موسسه و برای ایجاد وحدت رویه و چابک‌سازی انجام امور به مربوط به بررسی توانایی علمی و صلاحیت عمومی متقاضیان جذب، تبدیل وضعیت و ارتقا، امور هیات علمی موسسه به ‌صورت یک دفتر مستقل و زیر نظر معاون پژوهشی تشکیل گردید. 
امور هیأت علمی موسسه بر آنست تا به استناد آیین نامه اجرایی هیأت جذب، ضمن بکارگیری و استخدام اعضای هیات علمی، در چارچوب فراخوان‌های مصوب وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، با بررسی و ارزیابی مستمر فعالیت‌های پژوهشی و اجرایی اعضای هیأت علمی در قالب فرآیندهای ترفیع سالانه، ارزیابی کیفیت پژوهش‌ها، تبدیل وضعیت، ارتقاء و … نقش مهمی در ارتقاء موسسه و اصلاح هرم نیروی انسانی ایفا نماید.

دبیرخانه: کلیه امور اجرایی کارگروه‌ها و کمیته‌های ذیل امور هیات علمی موسسه از قبیل اعلام نیاز در فراخوان عمومی جذب، دریافت تقاضای همکاری، تشکیل پرونده‌های علمی و عمومی، پاسخگویی به متقاضیان و … توسط دبیرخانه انجام خواهد شد. 
کارگروه‌ها و کمیته‌ها: امور هیات علمی موسسه در موارد مطروحه جهت تسریع در روند بررسی پرونده‌های علمی افراد، کارگروه‌ها و کمیته‌های ذیل را زیر نظر خود تشکیل می‌دهد. 
کارگروه بررسی توانایی علمی: به منظور بررسی توانایی علمی متقاضیان جذب، کارگروه بررسی توانایی علمی زیر نظر هیأت اجرایی جذب حسب مورد تشکیل می گردد.
کمیته منتخب: به منظور اجرایی کردن آیین‌نامه ارتقای مرتبه اعضای هیات علمی و بررسی و امتیازدهی به فعالیت‌های سه‌گانه متقاضی (موارد ۲، ۳ و ۴ آیین‌نامه ارتقای مرتبه) کمیته منتخب موسسه زیر نظر هیات ممیزه حسب مورد تشکیل می‌گردد. 
کمیته ترفیعات: به منظور ارزیابی صحیح فعالیت‌های پژوهشی اعضای هیات علمی موسسه، جهت امتیازدهی به عملکرد سالانه ایشان، کمیته ترفیعات با استناد به دستورالعمل اعطای پایه استحقاقی اعضای هیات علمی موسسه تحقیقات آب حسب مورد تشکیل می‌گردد.

• پاسخگویی به متقاضیان ارتقاء مرتبه علمی، تبدیل وضعیت استخدامی، عضویت هیأت علمی، راتبه تحصیلی و بررسی درخواست‌های ایشان
• اعلام فراخوان عمومی جذب هیأت علمی
• دریافت تقاضای همکاری، تشکیل، بررسی، تکمیل و ارسال پرونده‌های متقاضیان عضویت هیأت علمی، راتبه تحصیلی و طرح سربازی و برگزاری جلسات کارگروه جذب هیأت علمی
• دریافت تقاضاهای تبدیل وضعیت و ارتقای سطح علمی در جهت اصلاح هرم هیأت علمی موسسه، بررسی، تکمیل پرونده و ارسال تقاضاهای مذکور به دانشگاه‌های مادر معرفی شده از طرف وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
• صدور درخواست تمدید احکام اعضای کارگروه‌های بررسی توانایی علمی و کمیته منتخب و کمیته ترفیعات
• انجام امور مالی مرتبط با کارگروه‌ها و کمیته‌های علمی و اعضای ذی فن بررسی درخواست‌های جذب و ارتقای مرتبه علمی