در سال۱۳۴۶ سازمانی تحت عنوان “مرکز تحقیقات ولابراتوار وابسته به وزارت نیرو” به منظور مدلسازی هیدرولیکی سدها و تاسیسات آبی آغاز به کار نمود.
این مرکز در سال ۱۳۵۴ از حوزه ستادی وزارت نیرو جدا و تحت عنوان “مؤسسه بررسی‌ها و آزمایشگاه‌های منابع آب” به کار خود ادامه داد.
در سال ۱۳۶۸، هیات وزیران، مؤسسه یادشده را به “سازمان تحقیقات منابع آب” تبدیل نمود. اهداف این شرکت انجام تحقیقات و مطالعات کاربردی در زمینه منابع آب و ارائه راهکارهایی به منظور بهبود کمی و کیفی آب کشور بود.
در سال ۱۳۷۰ همگام با روند خصوصی سازی واحدهای مختلف تحت پوشش وزارت نیرو، شرکت یادشده تبدیل به یک شرکت نیمه‌دولتی و مجموعه‌ای خودگردان با عنوان “مرکز تحقیقات آب” گردید که فعالیت در زمینه های مهندسی رودخانه و دریا و سواحل را نیز آغاز نمود.
از آن زمان، محدودیت های ناشی از خودگردانی، به عنوان مانعی بر سر راه ظرفیت‌سازی و انجام فعالیتهای تحقیقاتی منسجم و منطبق با نیازهای صنعت آب کشور، بروز نمود.
از سوی دیگر، مراکزی برای پاسخگویی به برخی ضرورت های پژوهشی آب در سایر نقاط کشور تاسیس شدند. پس از تثبیت ستاد تحقیقات آب در قالب معاونت پژوهشی سازمان مدیریت منابع آب ایران ، کمبود یک مجموعه اجرایی توانمند برای پیشبرد همه جانبه امر تحقیقات در پیکره امور آب کشور نمایان گردید. لذا به منظور تجمیع کلیه فعالیتهای پژوهشی آب کشور، “مؤسسه تحقیقات آب” پس از اخذ مجوز قطعی از وزارت علوم ، تحقیقات وفن آوری در سال ۱۳۸۰ رسماً هویت یافت و از نیمه دوم سال ۱۳۸۱ عملا ًفعالیت خود را آغاز نموده است.از آن زمان، محدودیت های ناشی از خودگردانی، به عنوان مانعی بر سر راه ظرفیت‌سازی و انجام فعالیتهای تحقیقاتی منسجم و منطبق با نیازهای صنعت آب کشور، بروز نمود.
مؤسسه تحقیقات آب به عنوان تخصصی‌ترین فعالان عرصه تحقیق و پژوهش در صنعت آب و فاضلاب کشور، با داشتن دو پژوهشکده در تهران و سه مرکز ملی مطالعاتی – تحقیقاتی در شهرهای تهران، ساری، و شیراز همواره کوشیده تا با استفاده از کارشناسان و متخصصان بخش‌های مرتبط با این صنعت و قراردادن فضایی مناسب در اختیار آن‌ها به منظور تجربی ساختن آموخته‌های تئوری، هدف انجام پژوهش با زمینه تجاری‌سازی را در سازمان‌ها و مؤسسات تحقیقاتی نهادینه سازد.