ماموریت و اهداف مطابق اساسنامه مصوب، اهداف مؤسسه به صورت زير تعيين شده اند: توسعه و گسترش پژوهش، تعميق دانش و توليد فناوري در امور آب كوشش براي دستيابي به دانش و فناوري هاي نوين جهاني امور آب كوشش براي دستيابي به دانش و فناوري هاي نوين جهاني امور آب وظایف موسسه بررسي و شناسايي نيازهاي پژوهشي امور آب برگزاري دوره ها، همايش ها، كارگاه هاي علمي وتخصصي در زمينه هاي مرتبط با آب انتشاركتب، نشريات تخصصي و ترويج نتايج تحقيقات ودستاوردهاي علمي درزمينه آب تشخيص نيازهاي پژوهشي و همكاري در تدوين برنامه هاي پژوهشي مربوطه ايجاد ارتباط مستمر با دانشگاه ها، واحدهاي تحقيقاتي و انجمن هاي علمي-تخصصي مورد نياز بخش هاي دولتي و غير دولتي در كليه زمينه هاي مرتبط با آب ايجاد ارتباط كارآمد با نيازهاي متخصص و مبتكر در كشور و فراهم نمودن امكانات لازم براي بهره گيري از جديدترين دستاوردهاي پژوهشي امور آب